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ナノレベルから生物を理解するための情報工学
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安立 理一 著
2003年11月28日発売
B5変型判
280ページ
［CD-ROM付］
価格 \2,750（本体 \2,500）
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ISBN978-4-7775-1006-1 C3045 \2500E
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「バイオインフォマティクス」(bioinformatics)は、ナノ・レベルから生物を理解するための情報工学です。2003年、ヒトの生命の設計図であるゲノムがすべて解読されましたが、細胞核に含まれ、ACGTの4つの塩基からなる1次元情報の「DNA配列」からヒトの体の構造や機能、生命の誕生から生殖そして死にいたるプロセスの設計内容が解明されるのはまだ先です。現在、生物を理解する学問として、「生物」「化学」「物理」に加え、「情報工学」に大きな期待が寄せられています。
本書はJavaの基本を理解している学生や技術者を対象に、バイオインフォマティクスの基礎をアルゴリズムの視点から解説します。また、添付CD-ROMには、「Java 2 SDK, Standard Edition 1.4.2_01」と、本書で解説するサンプル・プログラムを収録しています。
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| ■ 主な内容 ■ |
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はじめに
| 第０章 |
Java 2 SDK のインストールとプログラムのコンパイル方法 |
| 0.1 Java 2 SDKのインストール |
0.2 Java 2 SDKに収録されているプログラム |
| 0.3 パスの設定 |
0.4 Javaアプリケーションのコンパイルと実行方法 |
| 0.5 Javaアプレットのコンパイルと実行方法 |
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| 1.1 インターネット情報資源のダウンロード |
1.2 Java文字列サンプル文 |
| 2.1 ４種類の塩基 |
2.2 DNA(デオキシリボ核酸) |
| 2.3 ゲノムと遺伝子 |
2.4 複製・転写・翻訳 |
| 2.5 セントラルドグマ(中心命題) |
2.6 １次元情報から(３次元+時間+機能)情報を作る |
| 3.1 遺伝暗号とアミノ酸 |
3.2 ORF(Open Reading Frame)：読み枠 |
| 3.3 生物の種によるコドン出現頻度の変化 |
3.4 アミノ酸の性質 |
| 3.5 アミノ酸の互換性 |
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| 4.1 情報圧縮方法(正規化差分値) |
4.2 コード領域予測法 |
| 4.3 ディヌクレオチドから見た生物種間の類似度 |
4.4 タンパク質コード領域の類似度計算 |
| 6.1 配列比較の意味と方法 |
6.2 ダイナミック・プログラミング |
| 6.3 大域的アライメント |
6.4 局所的アライメント |
| 7.1 共通特性の確率モデル |
7.2 マルコフ連鎖 |
| 7.3 隠れマルコフ・モデル |
7.4 HMMによる天候の予測例 |
| 8.1 DNAマイクロ・アレイ(DNAチップ) |
8.2 DNAマイクロアレイの用途 |
| 8.3 発現強度の読み取り処理 |
8.4 統計処理 |
| 8.5 候補遺伝子の抽出 |
8.6 アルゴリズム |
| 第９章 |
SBH（Sequencing by Hybridization） |
| 11.1 RNAの２次構造 |
11.2 ドット・マトリックスによるスタック領域の予測 |
| 11.3 自由エネルギーによるドット・マトリックス |
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| 第１２章 |
データベース検索（FASTAとBLAST） |
| 12.1 データベース検索 |
12.2 略号・記号の説明 |
Java 2 Software Development Kit，Standard Edition，Version1.4.2／本書サンプルプログラムを収録
CD-ROMの使用許諾条件
| 付録０ javaとは何か(バイオインフォマティクスとJava) |
付録１ 問題の解答 |
| 付録２ 引用文献とインターネット情報資源 |
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※ 内容が一部異なる場合があります。発売日は、東京の発売日であり、地域によっては１〜２日程度遅れることがあります。あらかじめご了承ください。
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| 内容見本 |
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